| 2007年4月22日深夜から早朝にかけて、最後まで残った5000系の59Fが深川検車区から中野・八王子・新鶴見・尻手経由で川崎貨物へ甲種輸送された。また、同日に川崎貨物から神奈川臨海鉄道千鳥線を経由して千鳥町・川崎市営埠頭まで甲種輸送された。同編成は5000系66F、67Fや東葉高速鉄道1000形の1060F、1080F、1090Fとともにインドネシア・ジャカルタの都市鉄道「KRL
JABOTABEK（JABOTABEK鉄道）」に譲渡される。今回が最後の甲種輸送である。 関連ページ：5000系67F 川崎市営埠頭へ甲種輸送、5000系引退、KRL JABODETABEK−元 東京メトロ5000系 |
 | 甲種輸送日を前日に控えた5000系59F。深川検車区の片隅で最後の日を過ごす。 ※敷地外より撮影 |
 | 甲種輸送に先立って既に反射板の設置と連結器の交換を完了。 深川検車区にて（敷地外より撮影） |
 | 深夜1時半過ぎ、深川検車区からの5000系59F牽引列車到着前に中野駅に到着したEF65 1110。 |
 | 深夜2時前に中野に到着した深川検車区からの5000系59F牽引列車。今回の牽引列車は05系17F。行先表示は試運転。 |
 | 05系17Fの最後尾に連結された5000系59F。 |
 | 連結を解除する。 |
 | 05系が三鷹側の留置線に引き上げ後、待機。 |
 | やがて三鷹側からEF65 1110が入線、59Fと連結する。 |
 | 連結完了し、出発のときを待つ。今回は定刻より約5分遅れで中野駅を出発した。 |
 | 未明の八王子に停車中の5000系59F。同駅にて機回しを行い、進行方向が逆となる。 |
 | 八王子初電の横浜線205系と並ぶ。 |
 | 明け方の南武線尻手を行く5000系67F甲種輸送列車。 |
 | 甲種輸送列車の最後尾。幕は行先表示、運転番号表示共に未表示（白幕）。 尻手にて |
 | 南武支線の205系1000番台と並ぶ5000系59F。 尻手にて |
 | 尻手にて約7分停車後、浜川崎・川崎貨物方面へ発車。 |
 | 川崎貨物駅に到着した5000系59F。機関車は切り離された。 |
| 川崎貨物へ向けて、EF65 1110で甲種輸送される東京メトロ東西線59F。 |
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